鱼菜共生系统的稳定运行依赖“养殖—转化—栽培”的三级技术逻辑，微生物群落是实现物质循环的核心纽带。鱼类养殖产生的粪便和残饵会导致水体氨氮浓度升高，而氨氮对鱼类具有毒性，这一问题通过硝化细菌的两级转化解决：首先亚硝化细菌将氨氮转化为亚硝酸盐，再由硝化细菌将亚硝酸盐转化为无毒的硝酸盐。
硝酸盐作为优质氮肥被蔬菜根系吸收，完成水体净化过程，净化后的清水回流养殖池重新利用。整个系统需精准平衡鱼菜比例，常规条件下一立方水体年产50斤鱼可满足10平方米蔬菜的养分需求。此外，系统中的有益微生物还能抑制有害菌群繁殖，提升水体稳定性，而蔬菜根系的泌氧作用又能为好氧微生物提供生存环境，形成协同共生的生态链。
